Thế nhưng, nhà lệch tầng cũng có không ít nhược điểm. Thứ nhất là tổng thể ngôi nhà về mặt giao thông bị chia ra bởi các cao độ khác nhau nối với nhau bằng cầu thang nên gây một số bất tiện, chẳng hạn như cứ ra khỏi cửa phòng là phải lên xuống cầu thang, nhất là với nhà nhỏ. Điều này không phù hợp với người cao tuổi, trẻ em hoặc người tàn tật. Nếu không làm toilet riêng theo từng tầng thì xảy ra tình trạng từ tầng này phải lên tầng kia dùng toilet. Về cao độ, nhà lệch tầng có thể sẽ không phù hợp với một số quy hoạch có bắt buộc khống chế chiều cao từng tầng. Nhược điểm nữa là ở nhà lệch tầng, tỷ lệ chiếm chỗ của ô cầu thang và các chiếu nghỉ thang luôn lớn. Về mặt cơ động và đa năng hóa không gian, nhà lệch tầng cũng không linh hoạt bằng nhà thẳng tầng vì không gian bị giới hạn khi đi lại, chỉ phong phú trong điểm nhìn. Ngoài ra, khi thiết kế và thi công nhà lệch tầng đòi hỏi tính toán kỹ cốt cao độ và bậc thang. Một số nhà thầu thường tận dụng lý do này để tính giá thi công lệch tầng cao hơn.

Trong trường hợp nhà hẹp và dài, lệch tầng có thể kết hợp với không gian cầu thang để thông thoáng chiếu sáng cho phần giữa nhà. Nhưng với dạng mặt bằng ngắn hoặc gần vuông, làm thẳng tầng hoặc áp dụng kiểu cầu thang thay đổi vị trí sẽ có tiện lợi về diện tích.

Một vài điểm cần lưu ý:

Về giá thành, diện tích xây dựng không tăng nhiều so với kiến trúc bình thường. Tuy nhiên, diện tích các bức tường sẽ tăng, vật tư sử dụng cũng tăng lên.

Các khu vực vệ sinh và hệ thống ống kỹ thuật (điện, cấp/thoát nước) cần thiết kế tốt để tạo thẩm mỹ và lưu thông mạch lạc vì nhà vệ sinh có thể không nằm đồng trục theo các tầng.

Hệ thống kết cấu cũng không đồng trục, nên lưu ý về kỹ thuật và thiết kế để có hiệu quả tốt nhất cũng như yếu tố thẩm mỹ.

Độ cao của mỗi tầng chỉ nên tối đa 3,2 m. Nếu không muốn làm giếng trời bằng kính thì có thể làm giếng lộ thiên. Khi đó, mưa gió và nắng sẽ đến được từng khu vực. Cần lắp đặt và xử lý tốt hệ thống thoát nước và chống thấm cho khu vực lộ thiên.